Các đơn vị thuộc Trường bao gồm:

1. Phòng Tổ chức - Hành chính
2. Phòng Đào tạo
3. Phòng Bảo đảm chất lượng và Thanh tra Pháp chế
4. Phòng Khoa học Công nghệ và Hợp tác Quốc tế
5. Phòng Công tác Chính trị - Quản lý người học
6. Phòng Kế toán - Tài chính
7. Phòng Quản trị Cơ sở vật chất
8. Ban Quản lý Khu Nội trú
9. Khoa Khoa học Tự nhiên - Công nghệ
10. Khoa Khoa học Xã hội
11. Khoa Cơ sở
12. Khoa Kinh tế
13. Khoa Nông Lâm
14. Khoa Tiểu học - Mầm non
15. Khoa Khoa học Sức khỏe
16. Trung tâm Thông tin - Thư viện
17. Trung tâm Thực hành - Thí nghiệm
18. Trung tâm Nghiên cứu Văn hóa các dân tộc Tây Bắc
19. Trạm Y tế

Các đơn vị trực thuộc Trường bao gồm:

1. Trường TH, THCS & THPT Chu Văn An
2. Trung tâm Nghiên cứu Khoa học và Chuyển giao Công nghệ
3. Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh
4. Trung tâm Tin học - Ngoại ngữ
5. Trung tâm Nghiên cứu Đa dạng sinh học và Môi trường
6. Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển các sản phẩm khoa học công nghệ
7. Trung tâm thúc đẩy khởi sự, khởi nghiệp kinh doanh và thu hút đầu tư vùng dân tộc thiểu số
8. Trung tâm Đào tạo và Dịch vụ kinh tế
9. Trung tâm Nông nghiệp bền vững
10. Trung tâm Phát triển Du lịch Tây Bắc