Các đơn vị thuộc Trường bao gồm:
- Phòng Tổ chức - Hành chính
- Phòng Đào tạo
- Phòng Bảo đảm chất lượng và Thanh tra Pháp chế
- Phòng Khoa học Công nghệ và Hợp tác Quốc tế
- Phòng Công tác Chính trị - Quản lý người học
- Phòng Kế toán - Tài chính
- Phòng Quản trị Cơ sở vật chất
- Ban Quản lý Khu Nội trú
- Khoa Khoa học Tự nhiên - Công nghệ
- Khoa Khoa học Xã hội
- Khoa Cơ sở
- Khoa Kinh tế
- Khoa Nông Lâm
- Khoa Tiểu học - Mầm non
- Khoa Khoa học Sức khỏe
- Trường TH, THCS & THPT Chu Văn An
- Trung tâm Thông tin - Thư viện
- Trung tâm Thực hành - Thí nghiệm
- Trung tâm NCKH và Chuyển giao công nghệ
- Trung tâm Nghiên cứu Văn hóa các dân tộc Tây Bắc
- Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh
- Trạm Y tế
Các đơn vị trực thuộc Trường bao gồm:
- Trung tâm Tin học - Ngoại ngữ
- Trung tâm Nghiên cứu Đa dạng sinh học và Môi trường
- Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển các sản phẩm khoa học công nghệ
- Trung tâm thúc đẩy khởi sự, khởi nghiệp kinh doanh và thu hút đầu tư vùng dân tộc thiểu số
- Trung tâm Đào tạo và Dịch vụ kinh tế
- Trung tâm Nông nghiệp bền vững
